习近平总书记在2018年7月召开的全国组织工作会议上强调，党的领导落实到基层还有不少“中梗阻”。在中小学、医院、科研院所，党组织领导的校长（院长、所长）负责制还没有建立起来。为贯彻落实习近平总书记重要指示精神，充分调动科研院所在加快建设科技强国、人才强国的重要作用，在公立科研院所建立党委领导下的院所长负责制具有重要意义。
有利于进一步完善科研体制机制。《中国共产党章程》规定：实行行政领导人负责制的事业单位中党的基层组织，发挥战斗堡垒作用。实行党委领导下的行政领导人负责制的事业单位中党的基层组织，对重大问题进行讨论和作出决定，同时保证行政领导人充分行使自己的职权。党的十八大以来，以习近平同志为核心的党中央旗帜鲜明地提出加强党的全面领导，明确强调中国共产党的领导是中国特色社会主义最本质的特征。落实党对科技工作的全面领导，迫切需要完善公立科研院所的体制机制，发挥其党委的领导作用，建立起党委领导下的院所长负责制。
有利于切实加强科研院所基层党组织建设。加强党的建设，必须抓基层、打基础、固根本，使每个基层党组织都过硬、都成为坚强的战斗堡垒。特别是在深入实施创新驱动发展战略、加快建设科技强国的大背景下，科技创新在中国特色社会主义现代化建设中的地位越来越重要，科技自立自强对国家发展的战略引领和支撑作用越来越重要，公立科研院所承担的责任和使命越来越重要，加强公立科研院所基层党组织建设的需要也越来越迫切。因此，加强公立科研院所基层党组织建设，迫切需要在公立科研院所建立起党委领导下的院所长负责制，发挥公立科研院所党委的领导核心作用。
有利于进一步贯彻落实全面从严治党责任。党要管党、全面从严治党是我们党历经千锤百炼而朝气蓬勃的成功经验，也是我们党最鲜明的品格。党的十八大以来，我们党重拳反腐、铁腕反腐，以永远在路上的韧劲和执着不断把全面从严治党引向深入，制定出台了一系列管党治党的党内法规和制度，特别是2020年3月正式公布的《党委（党组）落实全面从严治党主体责任规定》，对党委（党组）如何落实全面从严治党主体责任进行了全面系统明确。《规定》明确规定党委（党组）在本单位（本系统）发挥把方向、管大局、保落实的领导作用；党委（党组）书记应当履行全面从严治党第一责任人职责，管好班子、带好队伍、抓好落实。这就要求公立科研院所的党组织书记要履行第一责任人职责，履行管班子、带队伍的职责。另外，落实全面从严治党责任，要融入到具体的科研业务工作中。而且，对于科研院所来说，科研业务活动中的廉政风险点是主要的，科研院所的党组织及其书记要承担从严治党主体责任，避免党建和业务“两张皮”。
为更好形成党政合力提供组织保证。科研院所职责主要在于开展科学研究和科技创新活动，为引领和推动经济社会发展提供科技支撑。开展科学研究和科技创新活动，最核心的要素是人，科研院所的干部职工文化层次较高、创新意识较强、思维相对活跃、个性比较突出，这些特征使得科研院所的运行、管理有着自身的特点和规律。党委领导下的院所长负责制，强调的是党委发挥政治优势把方向、集体智慧作决策、组织优势保落实的作用，绝不是党委什么都管、包办一切，而且党委领导是集体领导，落实的是民主集中制原则；院所长负责强调的是院所长发挥专业优势提出方案、发挥行政优势提高效率，保障的是院所长对整个行政、科研工作的指挥调度权，这种体制机制设计是充分发挥党委作用、院所长作用的有机统一，更有利于形成党政合力。在具体运行过程中，公立科研院所党委要充分发挥院所长作用，善于把院所长提出的好思路、好做法通过组织程序转化为组织意图、组织决定，并在这种转化过程中集中集体智慧进行完善，然后发挥组织优势抓好工作落实；院所长要自觉接受党委领导，既牵头抓好科技创新工作，又带头落实全面从严治党要求，切实形成党委集体领导、院所长行政科研抓总，各司其职、各尽其责、协调运转的治理机制。
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